Belum genap 1 minggu kota Pekalongan dilanda banjir 2 kali, pertama hari Kamis tanggal 20 Februari 2020 kemudian hari Senin pada tanggal 24 Februari . Hujan dengan intensitas tinggi mengakibatkan hampir seluruh wilayah kota Pekalongan terdampak genangan air dengan ketinggian bervariatif, kecamatan Pekalongan Utara berkisar antara 20 sampai 50 cm kecamatan Pekalongan barat berkisar antara 40 sampai 70 cm, Pekalongan timur berkisar antara 20 sampai 50 cm dan sebagian kecil kecamatan Pekalongan Selatan sungguh merupakan suatu bencana yang memilukan, rumah-rumah tergenang, kantor-kantor tergenang sekolah-sekolah tergenang sehingga aktivitas-aktivitas sempat terhenti sejenak, tidak terkecuali kantor kementerian agama kota Pekalongan walaupun air tidak sempat masuk ruangan kantor tapi akses menuju kantor menghalangi sebagian pegawai kantor kemenag kota Pekalongan sehingga tidak bisa masuk kantor melaksanakan tugas sebagaimana biasa. Kemudian beberapa sekolah dibawah kemenag juga tidak luput dari luapan air hujan yg lebat
Merespon hal tersebut kepala kantor kementerian agama kota Pekalonganan memerintahkan segenap jajarannya untuk segera mengambil langkah-langkah yang diperlukan. Pada hari Kamis tanggal 20 Februari 2020 kepala kantor kementerian agama kota Pekalongan bapak Drs. H. Maksum didampingi kepala seksi pendidikan dan madrasah Bp. Drs. H. Irwan Abbas dan beberapa pegawai KanKemenag Kota Pekalongan segera meluncur menyambangi sekolah-sekolah di bawah kementerian agama kota Pekalongan yang terdampak banjir, ada 4 Madrasah yang dikunjungi oleh tim peduli banjir kementerian agama kota Pekalongan yaitu MIS Tirto, Mi dan RA pasirsari dan MIS kramatsari yang berada di wilayah kecamatan Pekalongan barat. ketinggian air di sekolah-sekolah tersebut berkisar antara 20 sampai 40 cm kemudian dilanjutkan ke MI Sudirman yang masuk wilayah kecamatan Pekalongan Utara dengan ketinggian air juga sekitar antara 20 sampai 40 cm. Dengan keadaan tersebut terpaksa Pihak sekolah meliburkan kegiatan belajar mengajar
Pada hari Selasa tanggal 25 Februari 2020 tim peduli bencana kantor kementerian agama kota Pekalongan beraksi kembali kali ini ini tidak mengunjungi sekolah-sekolah yang terdampak banjir tapi menuju lokasi lokasi umum yang terdampak banjir yang lebih parah.kali ini Pak Maksum didampingi Kasubag.TU Bp. H Masrukin dan Gara Syariah Bp. H. Thohirun serta beberapa pegawai. Dengan membawa perbekalan yang sangat diperlukan baik di dapur umum maupun yang diperlukan oleh masyarakat langsung, Dari Penggalangan dana spontan dari dari infaq pegawai Kankemenag Kota Pekalongan terkumpul sejumlah uang dan dibelikan sembako dan nasi bungkus serta obat obatan yang dibagikan ke posko posko bencana maupun langsung ke daerah yang sangat membutuhkan. Ada 5 titik yang dikunjungi tim. Kelurahan kramatsari menjadi target pertama yang dikunjungi tim. Di Kelurahan ini bantuan di serahkan ke posko bencana / dapur umum yang berada di Masjid Shoghir. Kel. Panjang wetan menjadi titik yang kedua yang dikunjung tim, kemudian kel. Klego, kel Krapyak Lor dan terakhir di Kel Krapyak Kidul . semua bantuan diserahkan posko posko bencana atau dapur umum.
Sementara itu di lain tempat lewat KOSEK ( Komunitas Sepeda Kemenag) sebuah komunitas pecinta olah raga sepeda pegawai di Kankemenag Kota Pekalongan, juga ikut berpartisipasi dalam peduli bencana. Hal ini dilakukan karena mengingat banyaknya tempat yang terdampak banjir yang tidak mungkin satu persatu dikunjungi tim. Kosek pada taggal 20 menyambangi kel. Pasirsari daerah yang cukup parah dilanda banjir. Dari salah satu warga ada yang menyampaikan bahwa ada beberapa warga yg sudah 3 hari tidak makan nasi tetapi hanya makan mi instan. Bantuan yag diberikan kosek sungguh sangat bermanfaat tambah warga tersebut. Karena bantuan yg diberikan kosek berupa nasi bungkus yg siap dikonsumsi.
Pada hari Rabu tanggal 26 Februari 2020 Tim peduli bencana KanKemnenag kota pekalongan dan Kosek Beraksi kembali. Tim Kemenag mengunjungu Kel. Pabean , kosek mengunjugi Kel. Bandengan. Bantuan kali ini berupa Sembako yang diserahkan ke posko posko bencana
