Departememn Agama adalah sebuah instansi pemerintahan yang bertugas mengenai urusan agama di Indonesia dibawah naungan Menteri Agama RI. Namun, berdasarkan peraturan Menteri Agama RI No. 1 Tahun 2010 Maka, Departemen Agama berganti nama menjadi Kementerian Agama.
Kementerian Agama Kota Pekalongan merupakan pelaksana urusan pemerintah yang berwewenang dalam bidang Urusan Agama berdasarkan atas PMA No. 13 Tahun 2012. Kantor Kementerian Agama Kota Pekalongan dipimpin oleh seorang Kepala Kantor yang berkedudukan dan bertanggung jawab kepada Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Tengah.
Kementerian Agama ( Kemenag ) Pekalongan berdiri sebagai lembaga yang membantu Presiden dalam menyelenggarakan sebagian tugas pemerintahan di bidang keagamaan. Pelaksanaan tugas didasarkan pada visi dan misi yang telah ditetapkan oleh kemenag Kota Pekalongan berdasarkan Peraturan Kementerian Agama tersebut.
Kantor ini bertempat di Jl. Majapahit No.7, Podosugih, Kec. Pekalongan Barat, Kota Pekalongan, Jawa Tengah. Kemenag Kota Pekalongan sekarang di Pimpin oleh Bapak Kasiman Mahmud Desky, M.Ag.
Kantor Kementerian Agama Kota Pekalongan merupakan pelaksana urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan Kementerian Agama meliputi, penyelenggara haji dan umroh, bimbingan masyarakat, pendidikan madrasah, pendidikan agama islam dan penyelenggara syariah. Kantor Kementerian Agama ini dipimpin oleh seorang Kepala Kantor, yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Tengah. Kantor Kementerian Agama mempunyai tugas dan fungsi Kementerian Agama dalam wilayah kabupaten/kota berdasarkan kebijakan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi dan ketentuan perundang-undangan.
