Kementerian Agama adalah kementerian yang bertugas menyelenggarakan pemerintahan dalam bidang agama. Usulan pembentukan Kementerian Agama pertama kali disampaikan oleh Mr. Muhammad Yamin dalam Rapat Besar (Sidang) Badan Penyelidik Usaha – Usaha Persiapan Kemerdekaan Indonesia (BPUPKI), tanggal 11 Juli 1945. Dalam rapat tersebut Mr. Muhammad Yamin mengusulkan perlu diadakannya kementerian yang istimewa, yaitu yang berhubungan dengan agama.
Menurut Yamin, “Tidak cukuplah jaminan kepada agama Islam dengan Mahkamah Tinggi saja, melainkan harus kita wujudkan menurut kepentingan agama Islam sendiri. Pendek kata menurut kehendak rakyat, bahwa urusan agama Islam yang berhubungan dengan pendirian Islam, wakaf dan masjid dan penyiaran harus diurus oleh kementerian yang istimewa, yaitu yang kita namai Kementerian Agama”.
Dalam perkembangan selanjutnya, diterbitkan lah Peraturan Pemerintah Nomor 33 Tahun 1949 dan Peraturan Pemerintah Nomor 8 Tahun 1950 serta Peraturan Menteri Agama Nomor 5 Tahun 1951 antara lain menetapkan kewajiban dan lapangan tugas Kementerian Agama yaitu:
- Melaksanakan asas Ketuhanan Yang Maha Esa dengan sebaik-baiknya;
- Menjaga bahwa tiap penduduk mempunyai kemerdekaan untuk memeluk agamanya masing-masing dan untuk beribadat menurut agamanya dan kepercayaannya;
- Membimbing, menyokong, memelihara dan mengembangkan aliran-aliran agama yang sehat;
- Menyelenggarakan, memimpin dan mengawasi pendidikan agama di sekolah-sekolah negeri;
- Memimpin, menyokong serta mengamati pendidikan dan pengajaran di madrasah madrasah dan perguruan-perguruan agama lain-lain;
- Mengadakan pendidikan guru-guru dan hakim agama;
- Menyelenggarakan segala sesuatu yang bersangkut paut dengan pengajaran rohani kepada anggota-anggota tentara, asrama-asrama, rumah-rumah penjara dan tempat-tempat lain yang dipandang perlu;
- Mengatur, mengerjakan dan mengamat-amati segala hal yang bersangkutan dengan pencatatan pernikahan, rujuk dan talak orang Islam;
- Memberikan bantuan materiil untuk perbaikan dan pemeliharaan tempat-tempat beribadat (masjid-masjid, gereja-gereja, dll);
- Menyelenggarakan, mengurus dan mengawasi segala sesuatu yang bersangkut paut dengan Pengadilan Agama dan Mahkamah Islam Tinggi;
- Menyelidiki, menentukan, mendaftarkan dan mengawasi pemeliharaan wakaf-wakaf;
- Mempertinggi kecerdasan umum dalam hidup bermasyarakat dan hidup beragama.
Pada waktu memperingati 10 tahun berdirinya Kementerian Agama, tahun 1956, Menteri Agama K.H. Muchammad Iljas menegaskan kembali politik keagamaan dalam Negara Republik Indonesia. Ditegaskannya, bahwa fungsi Kementerian Agama adalah merupakan pendukung dan pelaksana utama asas Ketuhanan Yang Maha Esa.
Kantor Kementerian Agama Kota Pekalongan merupakan pelaksana urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan Kementerian Agama meliputi, penyelenggara haji dan umroh, bimbingan masyarakat, pendidikan madrasah, pendidikan agama islam dan penyelenggara syariah. Kantor Kementerian Agama ini dipimpin oleh seorang Kepala Kantor, yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Tengah.
Kantor ini bertempat di Jl. Majapahit No.7, Podosugih, Kec. Pekalongan Barat, Kota Pekalongan, Jawa Tengah.
Kepemimpinan Kantor Kementerian Agama Kota Pekalongan dari Masa ke masa
- H. Akrom Chasany : Tahun 1947 s.d 1967
- K.H. Moch. Sahlan : Tahun 1976 s.d 1978
- Drs. Sugiyanto Yasin : Tahun 1980 s.d 1984
- H. Moch. Chaeron, B.A : Tahun 1984 s.d 1990
- Drs. H.M. Damzun Zaeroni : Tahun 1990 s.d 1993
- Drs. Mustaghfirin : Tahun 1993 s.d 1994
- Drs H. Chanafi : Tahun 1994 s.d 1997
- Drs. H. Luqman Suryani : Tahun 1997 s.d 2000
- Drs. H. Abdul Fatah : Tahun 2000 s,d 2004
- Drs. H. Achmad Suyuti : Tahun 2004 s.d 2007
- Drs. H. Bambang Sugito TH, MSI : Tahun 2007 s.d 2009
- Drs. H. Wahuri Muchtar : Tahun 2009 s.d 2011
- DR. H. Suratno, M.Pd : Tahun 2012 s.d 2014
- H. Imam Tobroni, S.Ag.,MM : Tahun 2014 s.d 2017
- Drs. H. Akhmad Mundakir, M.Si : Tahun 2018 s.d 2019
- Drs. H. Maksum : Tahun 2019 s.d 2022
- H. Kasiman Mahmud Desky, M.Ag : Tahun 2022 s.d 2025
- Dr. H. Abdul Wahab, S.Ag. M.Si : Tahun 2026 s.d sekarang
